Ο Χρύσης, ιερέας του Απόλλωνα και πατέρας της Χρυσηίδας, προσήλθε στον Αγαμέμνονα και ζήτησε την απελευθέρωση της κόρης του. Όμως ο Αγαμέμνονας ήταν ανυποχώρητος και προσέβαλε βάναυσα τον ιερέα, ο οποίος προσευχήθηκε στον Απόλλωνα να πάρει εκδίκηση για την απαράδεκτη αυτή συμπεριφορά (ύβρις). Ο Απόλλωνας ανταποκρίθηκε και τιμώρησε με εξοντωτικό λοιμό τον αχαϊκό στρατό. Είναι χαρακτηριστικό της επικής ποίησης ότι οι Ολύμπιοι Θεοί τάσσονται με το ένα ή με το άλλο στρατόπεδο και κάποιοι μάλιστα (Αθηνά, Αφροδίτη, Άρης) παίρνουν μέρος κ’ οι ίδιοι στις μάχες. Τελικά, ο Αγαμέμνονας, για να απαλλαγεί από αυτή την συμφορά αναγκάστηκε να επιστρέψει την Χρυσηίδα στον πατέρα της. Για να καλυφθεί το κενό που δημιουργήθηκε απαίτησε και πήρε την Βρισηίδα του Αχιλλέα. Ο Αχιλλέας, το θεώρησε μεγάλη ατίμωση και αρνήθηκε να συνεχίσει να μάχεται. Η οργή του (μήνις) ήταν τόσο μεγάλη που παρακάλεσε τη μητέρα του Θέτιδανα μεσολαβήσει στον Δία για να προσφέρει συνεχείς επιτυχίες στους εχθρούς του Τρώες στις πολεμικές επιχειρήσεις.

Αφού αποσύρθηκε ο Αχιλλέας από τις μάχες, οι Αχαιοί (όπως προαναφέρθηκε αυτό το όνομα χρησιμοποιεί κυρίως ο Όμηρος για τους Έλληνες -επίσης Αργείοι και Δαναοί) σημείωσαν αρχικά επιτυχίες. Και τα δύο στρατόπεδα είχαν στη διάθεσή τους το σύνολο των συμμάχων τους, για πρώτη φορά από την αρχή των επιχειρήσεων. Σε μονομαχία μεταξύ Μενέλαου και Πάρη, ενώ διαφαινόταν η επικράτηση του Μενέλαου, η Αφροδίτη επενέβη σωτήρια υπέρ του Πάρη, και δεν αναδείχθηκε νικητής. Μετά από μια σύντομη ανακωχή οι συγκρούσεις ξεκίνησαν και πάλι. Με την βοήθεια της θεάς Αθηνάς, ο Διομήδης, επιφανής ήρωας των Αχαιών, σκότωσε τον Τρώα Πάνδαρο και παραλίγο να σκότωνε και τον Αινεία, που διασώθηκε με την παρέμβαση της μητέρας του Αφροδίτης η οποία τραυματίστηκε από τον Διομήδη. Στη συνέχεια της μάχης ο Διομήδης τραυματίζει και τον Άρη. Ακολουθεί η μονομαχία του Αίαντα Τελαμώνιου με τον Έκτορα, χωρίς ν’ αναδειχθεί νικητής, και διαπραγματεύσεις χωρίς αποτέλεσμα. Στις συρράξεις που ακολούθησαν οι Τρώες κατάφεραν να απωθήσουν τους Αχαιούς και να προελάσουν μέχρι το στρατόπεδο τους, στο ξύλινο τείχος που είχαν κατασκευάσει με την βοήθεια του Ποσειδώνα, στην ακτή της Τρωάδας. Την επόμενη μέρα, με την θεϊκή συμβολή του Δία, οι Τρώες διείσδυσαν στο στρατόπεδο των Αχαιών και πάρα λίγο να πυρπολήσουν το σύνολο των πλοίων τους. Μία πρώτη έκκληση προς τον Αχιλλέα να επανέλθει στις επιχειρήσεις απορρίφθηκε αμέσως από τον ίδιο, όμως όταν ο Έκτορας έκαψε το πλοίο του Πρωτεσίλαου, επέτρεψε στον φίλο και συγγενή του Πάτροκλο, να φέρει την πανοπλία του (δίνοντας την εντύπωση στον εχθρό ότι είναι ο ίδιος ο Αχιλλέας) και να ηγηθεί των μαχών. Ο Πάτροκλος κατάφερε να αντεπιτεθεί και να επιβληθεί των Τρώων. Οι συγκρούσεις μεταφέρθηκαν έξω από τα τείχη της Τροίας, όπου μόνο με την επέμβαση του Απόλλωνα ήταν δυνατή η απόκρουση της επίθεσης των Αχαιών. Κατά τις συγκρούσεις ο Πάτροκλος, πάνω στον ενθουσιασμό του πλησίασε αρκετά στα τείχη της πόλης, ακολούθησε μονομαχία με τον Έκτορα, ο οποίος τον σκότωσε και του αφαίρεσε τον οπλισμό.

Ο Αχιλλέας εξοργίστηκε και ορκίστηκε να πάρει εκδίκηση για τον χαμό του φίλου του. Ήλθε και σε συμβιβασμό με τον Αγαμέμνονα, ο οποίος του επέστρεψε την Βρισηίδα ανέγγιχτη. Ο θεόςΉφαιστος του ετοίμασε νέο οπλισμό για τις επικείμενες μάχες του. Με την είσοδό του στις συρράξεις, σκότωνε τον ένα Τρώα μετά τον άλλο, παραλίγο να φονεύσει και τον Αινεία, που σώθηκε από τον Ποσειδώνα. Ο Αχιλλέας πολέμησε με τον ποτάμιο θεό Σκάμανδρο και εν συνεχεία η σύγκρουση γενικεύτηκε με πλήθος θεών να συμμετέχει. Οι Τρώες κατέφυγαν πίσω από το τείχος τους, εκτός από τον Έκτορα, ο οποίος με πανουργία της Αθηνάς παρέμεινε στο πεδίο της μάχης και αντιμετώπισε τον Αχιλλέα. Στην μονομαχία μεταξύ των δύο ηρώων ο Αχιλλέας σκότωσε τελικά τον Έκτορα, έδεσε το σώμα του στο άρμα του και το έσερνε θριαμβευτικά. Αρχικά, δεν δεχόταν να παραδώσει το σώμα του νεκρού ήρωα. Αργότερα οι Αχαιοί πραγματοποίησαν και τους επικήδειους αγώνες προς τιμή του Πάτροκλου. Κάποιο βράδυ, ο ίδιος ο Πρίαμος, καθοδηγημένος από τον Ερμή έφτασε στη σκηνή του Αχιλλέα και τον παρακάλεσε να του παραδώσει το σώμα του γιου του σε έναν έντονο συγκινησιακό μονόλογο που ανάγκασε ακόμη και τον άκαμπτο Αχιλλέα να υποκύψει. Οι δύο άντρες συμφώνησαν προσωρινή ανακωχή, και ο νεκρός Έκτορας παραδόθηκε στους οικείους του. Η Ιλιάδα ολοκληρώνεται με την κηδεία του Έκτορα στην Τροία και το πένθος να επικρατεί στην πόλη.