Οι θεοί είχαν εξοργιστεί από την καταστροφή των ναών και γενικά των ύβρεων που οι Αχαιοί διέπραξαν. Καθώς επέστρεφε ο στόλος, κοντά στην Τήνο ξέσπασε έντονη καταιγίδα. Κατά μία εκδοχή, ο Ναύπλιος για να τους εκδικηθεί παραπλάνησε τον στόλο στέλνοντας εσφαλμένα μηνύματα με κάτοπτρο από το ακρωτήριο του Καφηρέα στην Εύβοια (Κάβο ντόρο) με αποτέλεσμα πολλά πλοία να ναυαγήσουν.

Ο Νέστορας, που υπήρξε ο πιο ευσεβής και ηθικός χαρακτήρας στην εκστρατεία, είχε ασφαλή και γρήγορη επιστροφή στην πατρίδα του. Ο Αίας ο Λοκρός τιμωρήθηκε από την Αθηνά, καθώς η Αθηνά δανείστηκε ένα κεραυνό του Δία και τον πυρπόλησε.

Ο Τεύκρος, γιος του Τελαμώνα και ετεροθαλής αδελφός του Αίαντα δικάστηκε επειδή δεν εμπόδισε τον θάνατο του αδελφού του και απαγορεύτηκε η επιστροφή στην πατρίδα του. Τελικά δεν επανήλθε ποτέ και ίδρυσε την Σαλαμίνα της Κύπρου. Αργότερα οι Αθηναίοι υποστήριξαν ότι ο Τεύκρος καθώς έφυγε παρέδωσε την εξουσία της πατρίδας του στους γιους του Θησέα.

Ο Νεοπτόλεμος ακολούθησε την συμβουλή του Έλενου και ακολούθησαν και οι δύο μαζί χερσαία οδό. Κατά την διαδρομή συνάντησε στην γη των Κικόνων, τον Οδυσσέα και ενταφίασε τον δάσκαλο του Αχιλλέα Φοίνικα. Εν συνεχεία κατέληξε στη γη των Μολοσσών, στην Ήπειρο και απέκτησε ένα γιο με την Ανδρομάχη, τον Μολοσσό ο οποίος έγινε και διάδοχός του στην περιοχή. Για αυτό αργότερα οι βασιλείς της Ηπείρου, καθώς και ο Μέγας Αλέξανδρος υποστήριζαν ότι είναι απόγονοι του Αχιλλέα.

Ο Διομήδης μετά από μια καταιγίδα βρέθηκε στην Λυκία, όπου ο βασιλιάς της Λύκος θα τον θυσίαζε στον Άρη, αλλά η κόρη του βασιλιάΚαλλιρρόη τον λυπήθηκε και τον βοήθησε να δραπετεύσει. Μετά κατέληξε στην Αττική, όπου οι Αθηναίοι μη γνωρίζοντας ότι είναι σύμμαχοι του επιτέθηκαν . Τελικά έφτασε στο Άργος, όπου ανακάλυψε ότι η σύζυγός του Αιγιαλεία διέπραττε μοιχεία. Αγανακτισμένος έφυγε για την Αιτωλία. Σύμφωνα με κάποιες πηγές πέρασε και από την νότια Ιταλία όπου ίδρυσε ορισμένες πόλεις.

Ο Φιλοκτήτης μετανάστευσε στην Σικελία, όπου ίδρυσε μια σειρά από πόλεις μεταξύ Κρότωνα και Θουρίων. Μετά από πολεμικές αναμετρήσεις με τους τοπικούς πληθυσμούς ίδρυσε το ιερό του Απόλλωνα όπου και αφιέρωσε το τόξο του Ηρακλή.

Σύμφωνα με τον Όμηρο, ο Ιδομενέας έφτασε στην πατρίδα του, Κρήτη ασφαλής. Κατά μία άλλη εκδοχή το πλοίο του έπεσε σε δυνατή καταιγίδα και ο Ιδομενέας υποσχέθηκε στον Ποσειδώνα ότι θα θυσιάσει τον πρώτο άνθρωπο που θα δει στην πατρίδα, αν θα έφτανε σώος στην πατρίδα. Ο πρώτος που είδε όμως ήταν ο γιος του, τον οποίο και θυσίασε. Τελικά οι θεοί εξοργίστηκαν και ξέσπασε λοιμός στην Κρήτη, και ο λαός του τον έστειλε εξορία στην Καλαβρία της Ιταλίας όπου εν συνεχεία κατέληξε στην Κολοφώνα της Μικράς Ασίας, όπου και πέθανε.

Από τους λιγότερους επιφανείς Αχαιούς ελάχιστοι έφτασαν στις πατρίδες τους.