Ο Φιλοκτήτης ήταν φίλος του Ηρακλή και είχε στην κατοχή του το τόξο και τα βέλη του, επειδή του είχε κάνει την τιμή και να ανάψει τη νεκρική του πυρά. Συμμετείχε και αυτός στην εκστρατεία με επτά πάνοπλα πλοία. Σταμάτησε είτε στη νήσο Χρύση, είτε στην Τένεδο μαζί με τον υπόλοιπο αχαϊκό στόλο. Κατά την παραμονή του εκεί τον δάγκωσε φίδι και η πληγή που προκλήθηκε του δημιούργησε εκτεταμένη μόλυνση. Οι Έλληνες, με πρόταση του Οδυσσέα, τον εγκατέλειψαν στην Λήμνο. Όταν αποβιβάστηκαν στην Τένεδο, ο Αχιλλέας σκότωσε τον ιερέα του Απόλλωνα, Τένη, παρακούοντας την μητέρα του που του είπε πως αν ενεργούσε έτσι θα είχε βέβαιο θάνατο από τον ίδιο τον Απόλλωνα. Από την Τένεδο ο Αγαμέμνονας έστειλε πρεσβεία στον Πρίαμο, αποτελούμενη από τον Μενέλαο, τον Οδυσσέα και τον Παλαμήδη ζητώντας την επιστροφή της Ελένης. Η πρεσβεία όμως δεν έγινε δεκτή.

Ο Φιλοκτήτης παρέμεινε στην Λήμνο για δέκα χρόνια, η οποία σύμφωνα με την τραγωδία του Σοφοκλή ήταν ακατοίκητη, αλλά σύμφωνα με παλιότερες πηγές κατοικούνταν από τους Μινύες.