Ο Θεμιστοκλής, μετά την ήττα στις Θερμοπύλες, προσπάθησε να πείσει τους Αθηναίους να εγκαταλείψουν την πόλη τους, καθώς προέβλεψε την καταστροφή της. Οι Αθηναίοι έφυγαν από την πόλη και πήγαν στη Σαλαμίνα, στην Αίγινα και στην Τροιζήνα. Ο Θεμιστοκλής κατάφερε να πείσει τους Αθηναίους, επικαλούμενος τον χρησμό της Πυθίας, ο οποίος έλεγε ότι οι Αθηναίοι θα σωθούν σε ξύλινα τείχη, δηλαδή στις τριήρεις, όπως το ερμήνευσε ο Θεμιστοκλής. Όσοι άνδρες ήταν σε θέση να πολεμήσουν μπήκαν στις τριήρεις, ενώ στην Αθήνα έμειναν λίγοι γέροι και άρρωστοι.

Ο στόλος των Ελλήνων κατευθύνθηκε στη Σαλαμίνα, με σκοπό να βοηθήσει την εκκένωση της Αττικής. Ο Θεμιστοκλής, παράλληλα, έστειλε επιγραφές στους Ίωνες να μην πολεμήσουν κατά των Ελλήνων:

Μετά τη νίκη τους στις Θερμοπύλες, οι Πέρσες κατέστρεψαν τη Βοιωτία, τις Πλαταιές και τις Θεσπιές, ενώ αργότερα κινήθηκαν για να καταλάβουν την άδεια Αθήνα. Στη Σαλαμίνα, ο Σπαρτιάτης ναύαρχος Ευρυβιάδης και οι υπόλοιποι Πελοποννήσιοι επέμεναν να προστατεύσουν τον Ισθμό της Κορίνθου, καταστρέφοντας τον μοναδικό δρόμο που οδηγούσε εκεί και χτίζοντας τείχος γύρω από αυτό.

Ο Θεμιστοκλής, από την άλλη, επέμενε ότι ο ελληνικός στόλος έπρεπε να μείνει στη Σαλαμίνα για να πολεμήσει. Στο συμβούλιο που συγκλήθηκε πριν τη ναυμαχία, ο Θεμιστοκλής διέκοπτε συνέχεια τον ναύαρχο των Κορινθίων, Αδείμαντο. Ο Ευρυβιάδης, τότε, του είπε ότι αυτούς που ξεκινούν πριν το σύνθημα τους ραπίζουν, ενώ ο Θεμιστοκλής του απάντησε ότι αυτοί που ξεκινούν πολύ μετά το σύνθημα δεν παίρνουν ποτέ βραβείο. Ο Ευρυβιάδης προσπάθησε να χτυπήσει τον Θεμιστοκλή, ο οποίος απέφυγε το χτύπημα και είπε την γνωστή φράσηπάταξον μέν, ἄκουσον δέ. Τότε ο Ευρυβιάδης ηρέμησε.

Ο Αδείμαντος πίστευε ότι ο ελληνικός στόλος έπρεπε να σταματήσει τους Πέρσες στον Ισθμό της Κορίνθου. Ο Θεμιστοκλής θύμισε στους συμμάχους τη ναυμαχία του Αρτεμισίου λέγοντας ότι η ναυμαχία σε κλειστό χώρο θα λειτουργούσε προς όφελος τους. Ο Αδείμαντος όμως αποκάλεσε απάτριν τον Θεμιστοκλή, επειδή ο Ξέρξης είχε κάψει την Αθήνα. Οργισμένος, ο Θεμιστοκλής δήλωσε ότι οι Αθηναίοι είχαν την πατρίδα τους στις 200 τριήρεις που έφεραν στη Σαλαμίνα, προειδοποιώντας τους Έλληνες ότι οι Αθηναίοι μπορούσαν να μεταβούν στην Ιταλία, όπου θα έβρισκαν καλύτερη πατρίδα και οι Έλληνες θα θυμηθούν τα λόγια του γιατί θα μείνουν χωρίς στόλο. Ο Ευρυβιάδης υποχώρησε αλλά οι άλλοι στρατηγοί, βλέποντας την Αθήνα να καίγεται και τον εχθρικό στόλο να βρίσκεται στο Φάληρο, ετοιμάζονταν να πλεύσουν στον Ισθμό της Κορίνθου.

Τη νύχτα, ο Θεμιστοκλής έστειλε στο περσικό στρατόπεδο τον Σίκιννο, για να πει στους Πέρσες ότι μερικοί Έλληνες σκόπευαν να φύγουν από τη Σαλαμίνα και ότι ήταν η καλύτερη ευκαιρία για να τους περικυκλώσουν και να τους καταστρέψουν. Ο Θεμιστοκλής ζήτησε επίσης από τον Σίκιννο να πει στον Ξέρξη ότι οι Πέρσες θα επικρατούσαν στον πόλεμο, όχι οι Έλληνες.