Πρόκειται για χρόνια φλεγμονή του βλεννογόνου του στομάχου με συνοδό ατροφία. Η κατανομή της φλεγμονής μπορεί να είναι ανομοιόμορφη. Προοδευτικά αναπτύσσεται οίδημα, κυτταρικές διηθήσεις, μειωμένη ποσότητα βλέννας στα βλεννώδη κύτταρα, μείωση των αδενικών μιτώσεων, επέκταση στον βλεννογόνο, λέπτυνση, παραμόρφωση και καταστροφή αδένων, ατροφία στομάχου.

Η ατροφική γαστρίτιδα αποτελεί ένα πολυσυστηματικό νόσημα, διότι συνδέεται πολλές φορές με κακή απορρόφηση ζωτικών βιταμινών, φαινόμενο που προκαλεί συχνά διαταραχές στη λειτουργία μιας ποικιλίας οργάνων. Συστηματικά συμπτώματα όπως ατονία, λιποθυμία, ωχρότητα, μουδιάσματα, κάψιμο στο σώμα, αστάθεια, μειωμένη αντίσταση στo stress, ανορεξία, διαταραχές συμπεριφοράς, εμφανίζονται. Οι πάσχοντες από ατροφική γαστρίτιδα πρέπει να βρίσκονται υπό στενή παθολογική παρακολούθηση προς υποστήριξη επιμέρους συστημάτων.

Η ατροφική γαστρίτιδα οφείλεται σε ειδικά αυτοαντισώματα ή σε ένα λοιμογόνο βακτηρίδιο, το ελικοβακτηρίδιο.

Στην περίπτωση της ατροφικής γαστρίτιδας από αντισώματα, στους πάσχοντες υπάρχει διαταραχή του ανοσολογικού συστήματος, που οδηγεί σε αυτοάνοση καταστροφή γαστρικού βλεννογόνου. Το τοιχωματικό κύτταρο, που περιέχεται στο γαστρικό αδένα, είναι σημαντική θέση προσβολής σε αυτή τη μορφή γαστρίτιδας, με αποτέλεσμα την εμφάνιση αχλωρυδρίας. Στο αίμα συχνά ανευρίσκονται αντισώματα έναντι διαφόρων ιστών του ίδιου του πάσχοντα (αυτοαντισώματα), κατάσταση που συνδέεται με ορμονικές ανεπάρκειες, αυξημένη επίπτωση καρκινωμάτων και αυτοάνοσων. Τα τοπικά συμπτώματα, εάν υπάρχουν, είναι δυσπεψία, ξινίλα, κάψιμο, ναυτία, φούσκωμα, εμετός.

Στην περίπτωση της ατροφικής γαστρίτιδας από ελικοβακτηρίδιο, αναπτύσσεται ατροφία, ως συνέπεια της δράσης του ελικοβακτηριδίου. Το ελικοβακτηρίδιο είναι ένα gram αρνητικό βακτηρίδιο, που μεταδίδεται από άτομο σε άτομο και εξουδετερώνεται με κατάλληλο συνδυασμό αντιβιοτικών. Σε ορισμένα ευαίσθητα άτομα, ο αποικισμός του γαστρικού βλεννογόνου προκαλεί διάχυτη φλεγμονή. Καθώς η φλεγμονή χρονίζει, εξελίσσεται και επεκτείνεται, αναπτύσσεται ατροφία αδένων και μεταπλασία. Τα περισσότερα άτομα δεν έχουν τοπικά συμπτώματα, αρκετοί ασθενείς έχουν δυσπεψία ξινίλα, κάψιμο, ναυτία, φούσκωμα ή εμετό, ενώ σε ένα μικρό ποσοστό εμφανίζονται επιπλοκές όπως έλκος και σπανιότερα αδενοκαρκίνωμα στομάχου και λέμφωμα.