Ο Ιησούς δεν είναι Θεός ή Υιός του Θεού:

Σύμφωνα με το Ευαγγέλιο του Βαρνάβα, ο Ιησούς προέβλεψε και απέρριψε τη θεοποίησή του:

Και αφού είπα αυτά, ο Ιησούς χτύπησε το πρόσωπό του με τα δύο χέρια του, και στη συνέχεια χτύπησε το έδαφος με το κεφάλι του. Και αφού σήκωσε το κεφάλι, είπε: "Καταραμένος να είναι όποιος βάλει στα λόγια μου ότι είμαι ο γιος του Θεού" (53: 6)

Ο Ιησούς απάντησε: "Και εσείς; Τι λέτε ότι είμαι;" Ο Πέτρος απάντησε: «Είσαι ο Χριστός, ο γιος του Θεού». Τότε ο Ιησούς τον επέπληξε με θυμό, λέγοντας: "Φύγε και απομακρύνσου από μένα, επειδή είσαι ο διάβολος και επιδιώκεις να με προκαλέσεις με αξιόποινες πράξεις" (70: 1)

Το ίδιο μοτίβο επαναλαμβάνεται και σε άλλα σημεία του «Ευαγγελίου του Βαρνάβα». Αυτό συνάδει πλήρως με μουσουλμανική πίστη, σύμφωνα με την οποία ο Ιησούς είναι μόνο ένας άνθρωπος και προφήτης. Σύμφωνα με ορισμένα χαντίθ, θα επανέλθει στη γη στο μέλλον και θα δηλώσει στον κόσμο ότι αυτός είναι "δούλος του Θεού". Σύμφωνα με τον ιμάμη Anwar Al-Awlaki στους Βίους των Προφητών:

Το πρώτο πράγμα που ο «προφήτης Ιησούς» είπε όταν ήταν στην κούνια ήταν: «Είμαι ένας υπηρέτης του Θεού», και το πρώτο πράγμα που θα πει ο Ιησούς όταν θα έρθει πίσω στη γη θα είναι το ίδιο: "Είμαι ένας υπηρέτης του Θεού".

Αυτά υποστηρίζονται και στο Κοράνι (Σούρα Μαρυάμ).

 Παύλος και Βαρνάβας:

Ο Hajj Sayed υποστηρίζει ότι η διαφωνία μεταξύ Παύλου και Βαρνάβα, που περιγράφεται στην προς Γαλάτες επιστολή, στηρίζει την ιδέα ότι το Ευαγγέλιο του Βαρνάβα υπήρχε την εποχή του Παύλου. Ο Blackhirst αντίθετα θεωρεί ότι αυή η επιστολή θα μπορούσε να είναι ο λόγος που ως συγγραφέας αυτού του ευαγγελίου φέρεται ο Βαρνάβας. [2] Ο Παύλος γράφει στην επιστολή του (προς Γαλάτας Κεφάλαιο 2:11-14):

«Και όταν ο Πέτρος ήρθε στην Αντιόχεια, εναντιώθηκα σ' αυτόν κατά πρόσωπο, για τον λόγο ότι ήταν αξιοκατάκριτος• επειδή, πριν έρθουν μερικοί από τον Ιάκωβο, έτρωγε μαζί με τους εθνικούς• όταν, όμως, ήρθαν, αποσυρόταν και αποχώριζε τον εαυτό του, φοβούμενος αυτούς που είχαν την περιτομή. Και μαζί του υποκρίθηκαν και οι υπόλοιποι Ιουδαίοι• ώστε, και ο Βαρνάβας συμπαρασύρθηκε στην υποκρισία τους.»

Ο Παύλος επιτέθηκε στον Πέτρο και τον Βαρνάβα επειδή "προσπαθούσε να ικανοποιήσει τους Εβραίους" κολλώντας στους νόμους τους, όπως η περιτομή. Αυτό δείχνει ότι, σε αυτό το σημείο, ο Βαρνάβας ήταν μαζί με τον Πέτρο και διαφωνούσε με τον Παύλο. Μερικοί το θεωρούν ότι δείχνει επίσης ότι τον καιρό που γράφτηκε οι κάτοικοι της Γαλατίας χρησιμοποιούσαν ένα ευαγγέλιο ή κάποια ευαγγέλια που διαφωνούσαν με τις πεποιθήσεις του Παύλου, και το «Ευαγγέλιο του Βαρνάβα» θα μπορούσε να είναι ένα από αυτά (αν και πιο φυσικό θα φαινόταν να χρησιμοποιούν το Ευαγγέλιο του Πέτρου, μάλιστα υπό το φως της δεύτερης επιστολής.) Μπορούμε να συγκρίνουμε τη διήγηση στην «προς Γαλάτας» με το εισαγωγικό κεφάλαιο του «Ευαγγελίου του Βαρνάβα», όπου διαβάζουμε:

«Πολυαγαπημένοι, ο μεγάλος και υπέροχος Θεός μας επισκέφθηκε κατά τη διάρκεια των τελευταίων ημερών μέσω του προφήτη του Ιησού Χριστού σε μεγάλο έλεος διδασκαλίας και θαυμάτων, και λόγω των ανωτέρω πολλοί, που εξαπατήθηκαν από τον Σατανά, κηρύσσουν υπό το πρόσχημα της ευσέβειας το πιο ασεβές δόγμα, καλώντας τον Ιησού γιο του Θεού, απορρίπτοντας την περιτομή που ο Θεός θέσπισε για πάντα, και επιτρέποντας κάθε ακάθαρτο κρέας: μεταξύ αυτών έχει εξαπατηθεί και ο Παύλος και εξαιτίας αυτού μιλώ με θλίψη. Και γι’ αυτό το λόγο σας γράφω αυτή την αλήθεια που έχω δει και ακούσει , στην επαφή που είχα με τον Ιησού, ώστε να μπορέσετε να σωθείτε, και να μην εξαπατηθείτε από τον Σατανά και χαθείτε κατά την κρίση του Θεού. Ως εκ τούτου προσέχετε όποιον σας κηρύττει νέο δόγμα αντίθετο με αυτό που γράφω, για να μπορέσετε να σωθείτε αιώνια." (Εισαγωγή στη Ευαγγέλιο του Βαρνάβα)

Από τα προηγούμενα εδάφια, μπορούμε να συμπεράνουμε επίσης ότι στην αρχή, Παύλος και Βαρνάβας συμφωνούσαν. Ωστόσο, στο τέλος, οι πεποιθήσεις τους άρχισαν να διαφοροποιούνται καθώς δεν θεωρούσαν και οι δύο τον εβραϊκό Νόμο εξίσου σημαντικό.

Εν κατακλείδι, μερικοί λόγιοι μουσουλμάνοι, χωρίς κανένα ιστορικό στοιχείο, πιστεύουν ότι οι διαφορές μεταξύ του Ευαγγελίου του Βαρνάβα και των πεποιθήσεων του Παύλου θα μπορούσε να είναι ο λόγος που το Ευαγγέλιο του Βαρνάβα και άλλα ευαγγέλια δεν προστέθηκαν στην Καινή Διαθήκη.

 Άλλες μη κανονικές διαφορές:

Σύμφωνα με το ακόλουθο απόσπασμα, ο Ιησούς μίλησε στον Βαρνάβα λέγοντάς του ένα μυστικό:

Ο Ιησούς είπε κλαίγοντας: "Ω Βαρνάβα, είναι απαραίτητο να σου αποκαλύψω μεγάλα μυστικά, τα οποία, αφότου θα αναχωρήσω από τον κόσμο, θα πρέπει να τα αποκαλύψεις." Στη συνέχεια, αυτός που γράφει απάντησε κλαίγοντας και είπε: "Ταιριάζει να κλαίω εγώ ω Κύριε, καθώς άλλοι άνθρωποι, επειδή είμαστε αμαρτωλοί. Σ’ εσένα, που είσαι ένας άγιος και προφήτης του Θεού, δεν ταιριάζει να κλαις τόσο πολύ." Ο Ιησούς απάντησε: «Πίστεψέ με Βαρνάβα ότι δεν μπορώ να κλάψω τόσο πολύ όσο θα έπρεπε. Γιατί αν οι άνθρωποι δεν με αποκαλούσαν Θεό, θα έβλεπα τον Θεό εδώ με τον τρόπο που θα είναι ορατός και στον παράδεισο, και θα ήμουν ασφαλής να μην φοβάμαι την ημέρα της κρίσης. Αλλά ο Θεός ξέρει ότι είμαι αθώος, γιατί ποτέ δεν έχω σκεφτεί ότι είμαι κάτι περισσότερο από ένας φτωχός δούλος. Οχι, σου λέω ότι αν δεν είχα κληθεί Θεός θα έπρεπε να μεταφερθώ στον παράδεισο όταν αποχωρήσω από τον κόσμο, ενώ τώρα δεν θα πάω εκεί έως ότου γίνει η κρίση. Τώρα βλέπεις αν έχω λόγο να κλαίω. Μάθε, ω Βαρνάβα, ότι για αυτό θα πρέπει να υποστώ μεγάλες διώξεις, και ένας από τους μαθητές μου θα με πουλήσει για τριάντα αργύρια. Οπότε είμαι σίγουρος ότι αυτός που θα με πουλήσει πρέπει να σκοτωθεί στο όνομά μου, επειδή ο Θεός θα με πάρει από τη γη, και θα αλλάξει την εμφάνιση του προδότη, έτσι ώστε όλοι να πιστέψουν ότι αυτός είμαι εγώ. Ωστόσο, όταν πεθάνει με κακό θάνατο, θα μείνω μ’ αυτή τη ντροπή για πολύ καιρό στον κόσμο. Αλλά όταν θα έρθει ο Μωάμεθ, ο ιερός αγγελιοφόρος του Θεού, η ατιμία θα αφαιρεθεί. Και αυτό θα κάνει ο Θεός, επειδή έχω ομολογήσει την αλήθεια του Μεσσία που θα μου δώσει αυτό το αντίτιμο, ότι θα γνωστοποιηθεί ότι είμαι ζωντανός και ότι αυτός ο ατιμωτικός θάνατος μου είναι ξένος."

Επίσης, σύμφωνα με το Ευαγγέλιο του Βαρνάβα, ο Ιησούς «χρεώνει» στον Βαρνάβα τη συγγραφή του Ευαγγελίου:

Ο Ιησούς στράφηκε προς αυτόν που γράφει, και είπε: "Βαρνάβα, κοίταξε με όλα τα μέσα να γράψεις το ευαγγέλιο μου σχετικά με όλα όσα έχουν συμβεί κατά τό διάστημα που κατοικώ στον κόσμο. Και να γράψεις με παρόμοιο τρόπο γι’ αυτό που συνέβη στον Ιούδα, ώστε οι πιστοί να μην εξαπατηθούν, και ο καθένας να μπορεί να πιστέψει την αλήθεια. "

 Αναχρονισμοί:

Ορισμένοι αναγνώστες έχουν σημειώσει ότι το «Ευαγγέλιο του Βαρνάβα» περιέχει μια σειρά από εμφανείς αναχρονισμούς και ιστορικές ανακρίβειες

Παρουσιάζει τον Ιησού να πηγαίνει στη Ναζαρέτ διαπλέοντας τη Θάλασσα της Γαλιλαίας, ενώ στην πραγματικότητα η Ναζαρέτ είναι στην ενδοχώρα και όχι παραθαλάσσια. (Βλ. εδώ για τη θέση της Ναζαρέτ.) Και από τη Ναζαρέτ «ανεβαίνει» στην Καπερναούμ - η οποία στην πραγματικότητα είναι παραλίμνια (κεφάλαια 20-21).

Λέει ότι ο Ιησούς γεννήθηκε κατά το διάστημα που διοικούσε ο Πόντιος Πιλάτος, το οποίο όμως ξεκίνησε μετά το έτος 26 μ.Χ..

Ο συγγραφέας δεν φαίνεται να συνειδητοποιεί ότι «Χριστός» και «Μεσσίας» είναι μεταφράσεις της ίδιας λέξης (Χριστός), κι έτσι ενώ περιγράφει τον Ιησού ως "ο Ιησούς Χριστός" υποστηρίζει ακόμη ότι «ο Ιησούς ομολόγησε και είπε την αλήθεια, "Δεν είμαι ο Μεσσίας" » (κεφ. 42).

Υπάρχει αναφορά σε Ιωβηλαίο έτος το οποίο έρχεται κάθε εκατό χρόνια (κεφάλαιο 82), και όχι κάθε πενήντα χρόνια, όπως περιγράφεται στο Λευιτικόν: 25. Αυτός ο αναχρονισμός φαίνεται να συνδέει το «Ευαγγέλιο του Βαρνάβα» με τη διακήρυξη του 1300 ως ιωβηλαίου έτους από τον Πάπα Βονιφάτιο. Ένα Ιωβηλαίο που τότε αποφασίστηκε ότι θα πρέπει να επαναλαμβάνεται κάθε εκατό χρόνια. Το 1343 ο Πάπας Κλήμης VI μείωσε το διάστημα μεταξύ των «Αγίων Ετών» από εκατό σε πενήντα χρόνια.

Ο Αδάμ και η Εύα τρώνε ένα μήλο (κεφ. 40). Λαμβάνοντας υπόψη ότι η παραδοσιακή σύνδεση του καρπού του Δέντρου της Γνώσης του Καλού και του Κακού (Γένεσις: 2) με το μήλο, στηρίζεται στην μετάφραση της Εβραϊκής Βίβλου στα Λατινικά, όπου και η λέξη «μήλο» και η λέξη «κακό» αποδίδονται ως «Malum», καταλαβαίνουμε ότι το «Ευαγγέλιο του Βαρνάβα» δεν μπορεί παρά να γράφτηκε μετά από αυτή τη μετάφραση.

Το «Ευαγγέλιο του Βαρνάβα» μιλά για κρασί που αποθηκεύεται σε ξύλινα βαρέλια (κεφάλαιο 152). Τα ξύλινα βαρέλια ήταν χαρακτηριστικό της Γαλατίας και της Βόρειας Ιταλίας, και δεν χρησιμοποιούνταν συνήθως για το κρασί στην Ρωμαϊκή αυτοκρατορία μέχρι μετά από το 300 μ.Χ., ενώ το κρασί στην Παλαιστίνη του 1ου αιώνα ήταν πάντοτε αποθηκευμένο σε ασκούς και κανάτες (αμφορείς). Η αγγλική δρυς (Quercus robur) δεν φύεται στην Παλαιστίνη, και το ξύλο από άλλα είδη δέντρων δεν είναι επαρκώς στεγανό για να χρησιμοποιηθεί σε βαρέλια κρασιού,

Στο κεφάλαιο 91, το «σαρανταήμέρο» αναφέρεται ως ετήσια νηστεία. Αυτό αντιστοιχεί στη χριστιανική παράδοση της νηστείας για σαράντα ημέρες Σαρακοστή. Όμως αυτή η πρακτική δεν καταγράφεται νωρίτερα από την Πρώτη Οικουμενική Σύνοδο (325 μ.Χ.). Επίσης δεν υπάρχει σαρανταήμερη νηστεία στον Ιουδαϊσμό εκείνη την περίοδο (βλ. Mishnah, Tractate: Taanith "Days of Fasting").

Όπου το «Ευαγγέλιο του Βαρνάβα» περιλαμβάνει αποσπάσματα από την Παλαιά Διαθήκη, αυτά αντιστοιχούν σε αποσπάσματα της Λατινικής Βουλγκάτα, [56] και όχι σε αυτά της ελληνικής μετάφρασης των Ο’, ή του εβραϊκού Μασοριτικού κειμένου. Ωστόσο, θα πρέπει να σημειωθεί ότι η μετάφραση της Λατινικής Βουλγκάτα ήταν ένα έργο που ο άγιος Ιερώνυμος άρχισε το 382 μ.Χ., αιώνες μετά το θάνατο του Βαρνάβα.

Η ιταλική έκδοση διαιρεί το χρυσό δηνάριο σε 60 λεπτά (minuti). Αυτά τα νομίσματα δεν υπήρχαν στην εποχή του αποστόλου Βαρνάβα. Είχαν ισπανική προέλευση που κρατούσε από την προϊσλαμική βησιγότθεια περίοδο της Ισπανίας, και προδίδουν ισπανική επιρροή στο "Ευαγγέλιο του Βαρνάβα". (Βλ. [3])

Το κεφ. 91 αναφέρει τρεις εβραϊκές στρατιές από 200.000 άνδρες η καθεμιά στη Mizpeh, δηλαδή 600.000 άνδρες στο σύνολο, σε μια χρονική στιγμή που η συνολική ισχύς του Ρωμαϊκού στρατού σε ολόκληρη την αυτοκρατορία υπολογίζεται σε 300.000 άνδρες.

 Ισλαμική προοπτική:

Ορισμένες μουσουλμανικές θρησκευτικές οργανώσεις αναφέρουν αυτό το έργο για να στηρίξουν την άποψη του Ισλάμ για τον Ιησού. Ιδίως, τον 19ο αιώνα οι μουσουλμάνοι θρησκευτικοί στοχαστές Rashid Rida στην Αίγυπτο και Sayyid Abul Ala Maududi στο Πακιστάν το αποδέχτηκαν και το συνέστησαν (αν και ο τελευταίος απέρριψε την ειδική ονομασία του Μωάμεθ ως πιθανή παρεμβολή) ((Fact | date = Μάη 2008)). Επιπλέον, το Ευαγγέλιο του Βαρνάβα συνήθως χρησιμοποιείται στην πράξη από μουσουλμάνους συζητητές ειδικευμένους στην πολεμική (controversialists) ως αντιστάθμισμα στη χρήση του κανονικού Ευαγγελίου από χριστιανούς ιεραποστόλους.

Η δεδομένη μουσουλμανική διδασκαλία υποστηρίζει ότι το «Ιντζίλ», το προφητικό Ευαγγέλιο που παραδόθηκε μέσω του προφήτη «Ισά» (Ιησούς από τη Ναζαρέτ), έχει παραχαραχθεί και διαστρεβλωθεί ανεπανόρθωτα στην πορεία της μετάδοσής του από τους χριστιανούς, και ότι, συνεπώς, δεν μπορεί να γίνει δεκτό ότι οποιοδήποτε κείμενο της χριστιανικής παράδοσης (συμπεριλαμβανομένων των τεσσάρων κανονικών ευαγγελίων της χριστιανικής Καινής Διαθήκης) αντιπροσωπεύει πραγματικά τη διδασκαλία του Ιησού. Δεδομένου ότι από την ορθόδοξη ισλαμική προοπτική, το "Ευαγγέλιο του Βαρνάβα" είναι σαφώς ένα χριστιανικό έργο, όπως αποδεικνύεται από πολλά σημεία όπου διαφέρει με το Κοράνι, αναμένεται ότι και αυτό έχει υποστεί παραχάραξη και στρέβλωση. Κατά συνέπεια, κανείς ορθόδοξος μουσουλμάνος συγγραφέας δεν αποδέχεται το "Ευαγγέλιο του Βαρνάβα" ως διαβίβαση του «αυθεντικού Ευαγγελίου», και λίγοι αρνούνται ότι το γνωστό ιταλικό κείμενο περιέχει σημαντικά στοιχεία μεταγενέστερης πλαστογραφίας. Ωστόσο, οι μουσουλμάνοι συγγραφείς χαιρετίζουν εκείνα τα στοιχεία του "Ευαγγελίου του Βαρνάβα" που είναι σύμφωνα με τις δεδομένες διδασκαλίες του Κορανίου, όπως την άρνηση του Ιησού ότι είναι Υιός του Θεού και την προφητική πρόβλεψη από τον Ιησού του επόμενου αγγελιοφόρου του Θεού. Και, κατά συνέπεια, πολλοί μουσουλμάνοι έχουν την τάση να θεωρούν ότι αυτά τα συγκεκριμένα στοιχεία εκπροσωπούν την επιβίωση αρχικών διδασκαλιών του Ιησού που είναι πολύ πιο συμβατές με το Ισλάμ.