Για την προετοιμασία

• 3/5 φλιτζανιού αλεύρι για ψωμί ή αλεύρι σκληρό
• 1 γρ. μαγιά ξηρή ή στη μύτη 1 κουτ. γλυκού
• 1 φλιτζάνι νερό

Για τη ζύμη

• 23/4 κουτ. σούπας αλεύρι ολικής άλεσης
• 32/3 φλιτζάνια αλεύρι για ψωμί
• 1 3/4 κουτ. γλυκού μαγιά ξηρή
• 1 κουτ. σούπας αλάτι
• ½ φλιτζάνι + 1 κουτ. σούπας ελαιόλαδο
• 11/4 φλιτζανιού νερό
• αλεύρι για το ζύμωμα

Για τη γέμιση

• 2 κρεμμύδια σε μικρούς κύβους
• 20 φύλλα φασκόμηλο φρέσκο ψιλοκομμένα
• 2 μπάλες μοτσαρέλα φρέσκια σε μικρούς κύβους
• ελαιόλαδο
• αλάτι

Βάζουμε αποβραδίς το 1 φλιτζάνι νερό και τη μαγιά σε κεραμικό ή γυάλινο μπολ. Αφήνουμε για 10 λεπτά περίπου 

και προσθέτουμε το αλεύρι. Ανακατεύουμε καλά με ξύλινη κουτάλα και σφραγίζουμε προσεκτικά το μπολ με διαφανή μεμβράνη. Αφήνουμε σε ένα σημείο της κουζίνας μέχρι την επόμενη ημέρα (12 ώρες τουλάχιστον). Την επόμενη ημέρα, και 4 ώρες περίπου πριν χρειαστεί να ψήσουμε τη focaccia, βάζουμε σε μίξερ όλα τα υλικά της ζύμης και προσθέτουμε στο μπολ το μείγμα από την προηγούμενη ημέρα. Ενεργοποιούμε το μίξερ στη χαμηλή ταχύτητα και προσθέτουμε το αλεύρι ολικής και το υπόλοιπο αλεύρι με αργό ρυθμό για 2-3 λεπτά περίπου, μέχρι το μείγμα να αποκτήσει τη μορφή ζύμης. Στη συνέχεια, προσθέτουμε το αλάτι και δυναμώνουμε την ταχύτητα. Χτυπάμε το μείγμα για 5 λεπτά, μέχρι να αρχίσει η ζύμη να αποκολλάται από τα τοιχώματα του μπολ. Αν δείχνει πολύ υγρή, προσθέτουμε ελάχιστο αλεύρι. Στο μεταξύ, αλείφουμε με λίγο λάδι ένα μεγάλο μπολ, στο οποίο μεταφέρουμε τη ζύμη και τη σφραγίζουμε πολύ καλά με διαφανή μεμβράνη. Αφήνουμε για μιάμιση ώρα περίπου, μέχρι να διπλασιαστεί σε όγκο. Μόλις είναι έτοιμη, απλώνουμε λίγο αλεύρι σε πάγκο και μεταφέρουμε εκεί τη ζύμη. Την απλώνουμε και μετά τη διπλώνουμε πολλές φορές με φορά από την άκρη προς το κέντρο. Την επαναφέρουμε στο μπολ και την αφήνουμε να ξεκουραστεί για 50 λεπτά περίπου. Αλευρώνουμε ξανά τον πάγκο και μεταφέρουμε εκεί τη ζύμη. Τη χωρίζουμε σε δύο κομμάτια χωρίς να την πιέζουμε πολύ. Μοιράζουμε το ελαιόλαδο ανάμεσα σε δύο ταψιά, στα οποία θα ψήσουμε τη focaccia. Βάζουμε ένα κομμάτι ζύμης στο καθένα και την απλώνουμε ελαφρώς. Σκεπάζουμε τα ταψιά με νωπή πετσέτα και τα αφήνουμε στον πάγκο της κουζίνας για μισή ώρα. Προθερμαίνουμε τον φούρνο στους 220°C. Βγάζουμε την πετσέτα και απλώνουμε την κάθε ζύμη με τα δάχτυλα σε όλο σχεδόν το ταψί. Μοιράζουμε στα δυο ταψιά το κρεμμύδι, τη μοτσαρέλα και το φασκόμηλο πιέζοντας τα υλικά με το δάχτυλο μέσα στη ζύμη. (Αυτό είναι απαραίτητο). Αλείφουμε την επιφάνεια της κάθε focaccia με αρκετό ελαιόλαδο, αλατίζουμε και τις ψήνουμε για 30-40 λεπτά, μέχρι να ροδίσουν καλά. Τις βγάζουμε από τον φούρνο, τις κόβουμε σε κομμάτια και σερβίρουμε.