Ο Αγαθαρχίδης ο Κνίδιος (2ος π.Χ. αιώνας) ήταν αρχαίος Έλληνας φιλόσοφος (περιπατητικός - αριστοτελικός), φυσιοδίφης και επιστήμονας, που ασχολήθηκε με τη φυσική και τη γεωγραφία. Έζησε τον 2ο π.Χ. αιώνα στην Αλεξάνδρεια της Αιγύπτου, περνώντας το μεγαλύτερο μέρος της πολυτάραχης ζωής του ταξιδεύοντας και καταγράφοντας γεωγραφικές παρατηρήσεις, παρατηρήσεις για τα ζώα και τα φυτά και εθνολογικά στοιχεία. Περιέγραψε λαογραφικά στοιχεία αρχαίων λαών, όπως των ιχθυοφάγων της ανατολικής Αφρικής. Επίσης, έδωσε πληροφορίες για τα μεταλλεία χρυσού της αρχαίας Αιθιοπίας και του πλούτου του εμπορίου των παράλιων χωρών στην Ερυθρά θάλασσα.

Ο Αγαθαρχίδης ερμήνευσε πρώτος το φαινόμενο της περιοδικής πλημμύρας του Νείλου, δηλαδή όλου του φαινομένου της παλίρροιας. Επίσης, από τα κείμενά του ίσως να μπορεί και να χαρακτηριστεί ως μακρινός πρόδρομος της παρασιτολογίας, δηλαδή της επιστήμης που μελετά νόσους που προέρχονται από παράσιτα του ανθρώπινου οργανισμού.

 Ο Αγαθαρχίδης καταγόταν από την Κνίδο της Μικράς Ασίας, έζησε όμως στην Αλεξάνδρεια. Έγινε διάσημος επί των ημερών του Πτολεμαίου του Φιλομήτωρος και διατέλεσε «αναγνώστης» (γραμματέας) του αυλικού Ηρακλείδη Λέμβου. Μετά την εγκατάλειψη του θρόνου από μέρους του επόμενου βασιλιά, του Πτολεμαίου Φύσκωνα, το 131 π.Χ., έχασε τη θέση του και επιδόθηκε σε ερευνητικά ταξίδια και περιηγήσεις.

Σημαντικό μέρος του έργου του διέσωσε ο Πατριάρχης Φώτιος, συμπεριλαμβάνοντας αποσπάσματα στη Μυριόβιβλο.

 Στα έργα του, από τα οποία έχουν διασωθεί μόνο αποσπάσματα, περιλαμβάνονται τα ακόλουθα:

• Περίπλους της Ερυθράς Θαλάσσης. Ημιτελές έργο αποτελούμενο από πέντε βιβλία που περιέχουν πληροφορίες κυρίως για τα παράλια της Αραβίας και Αιθιοπίας. Αυτό το έργο αναφέρεται ότι συμβουλέυτηκαν ο Αρτεμίδωρος, ο Στράβων και ο Αιλιανός, καθώς και μετέπειτα Βυζαντινοί ιστορικοί.
• Περί Ασίας: Ζωολογικές και φυτολογικές παρατηρήσεις από την Ασία.
• Περί Αφρικής: Φυσικές παρατηρήσεις από την Αφρική και από την περιοχή του Νείλου.
• Ιστορίαι: Έργο σε 49 βιβλία για την ιστορία της Ευρώπης και της Ασίας, κυρίως της Περσίας. Οι Πέρσες τα θεωρούν ως τα πρώτα ιστορικά βιβλία για τη χώρα και τον λαό τους.
• Επιτομή περί ανέμων : Έργο με μετεωρολογικές παρατηρήσεις.

Ο Αγαθαρχίδης υπήρξε ακόμη από τους μεγαλύτερους πολέμιους της ελληνικής μυθολογίας.

Τον Αγαθαρχίδη έχουν αναφέρει ο Στράβων, ο Πλούταρχος, ο Αθήναιος, ο Διόδωρος Σικελιώτης, ο Λουκιανός και ο Πατριάρχης Φώτιος.

Προς τιμήν του Αγαθαρχίδη έχει ονομαστεί με το όνομά του ένας κρατήρας στη Σελήνη.