Για την επιστροφή ο Αλέξανδρος χώρισε το στράτευμά του σε τρία μέρη. Το πρώτο με αρχηγό τον Κρατερό ακολούθησε πορεία προς την Αλεξάνδρεια Αραχωσίας (Κανταχάρ) και μέσω της κοιλάδας του Ετύμανδρου εγκαταστάθηκε στην Καρμανία όπου περίμενε τον Αλέξανδρο. Το δεύτερο ήταν ο στόλος, που με αρχηγό τον Νέαρχο, παρέπλευσε τις ακτές της Περσίας όπου βρίσκονταν οι χώρες των Ωρών, των Γεδρωσιών και των Ιχθυοφάγων, προς τον μυχό του κόλπου.

Το τρίτο μέρος του στρατεύματος με τον Αλέξανδρο ξεκίνησε από τα Πάτταλα (τέλη Αυγούστου 324 π.Χ.) για να διασχίσει την έρημο τηςΓεδρωσίας. Στο πρώτο μέρος της πορείας δεν υπήρξαν δυσκολίες αλλά στην έρημο της Γεδρωσίας ο καύσωνας και η έλλειψη νερού προκάλεσαν μεγάλες απώλειες. Μετά από 60 μέρες σταμάτησε για ανάπαυση στην πρωτεύουσα της Γεδρωσίας, Πούρα, και προχώρησε στην Καρμανία όπου συνάντησε τον Κρατερό. Στην Καρμανία έφτασε και ο Νέαρχος όπου έδωσε αναφορά για την πορεία του, και συνέχισε τον περίπλου ως τις εκβολές του ποταμού Τίγρη. Ο Αλέξανδρος πήρε ένα μέρος του στρατεύματος και αφού πέρασε από τους Πασαργάδες προχώρησε στην Περσέπολη όπου διόρισε σατράπη τον Πευκέστα ο οποίος είχε σώσει την ζωή του Αλέξανδρου στην μάχη στους Μαλλούς.

Την άνοιξη του 324 π.Χ. έκανε γιορτές στα Σούσα για την ολοκλήρωση της κατάκτησης της Περσίας. Οργάνωσε μικτούς γάμους Μακεδόνων με Περσίδες και ο ίδιος πήρε ως δεύτερη σύζυγο την Στάτειρα, την κόρη του Δαρείου. Εξόφλησε τα χρέη των Ελλήνων στρατιωτών του, με ένα ποσό που ανήλθε σε 20.000 τάλαντα και μοίρασε δώρα και τιμές σε όσους είχαν ανδραγαθήσει. Οι σατράπες της επικράτειας έφεραν εκεί και 30.000 έφηβους Πέρσες που είχαν εκπαιδευτεί και οπλισθεί μακεδονικά, τους οποίος ονόμασε «Επιγόνους».

Άρχισε να οργανώνει νέες εκστρατείες και αφού έστειλε τον Ηφαιστίωνα να εξερευνήσει τις ακτές του Περσικού κόλπου, ο ίδιος με επίλεκτες μονάδες κατευθύνθηκε προς την θάλασσα μέσω του ποταμού Ευλαίου. Στην Ώπι ανακοίνωσε την απόλυση των ηλικιωμένων και των τραυματιών και την συνέχιση της εκστρατείας, αλλά συνάντησε την αντίδραση των στρατιωτών του που δεν ήθελαν να συνεχίσουν μαζί του. Ο Αλέξανδρος τότε μοίρασε αξιώματα σε Πέρσες και ορισμένους τους ονόμασε συγγενείς του, πράγμα που ανάγκασε τους Μακεδόνες να του ζητήσουν συγνώμη και να τον ακολουθήσουν.